Lösung für mich...
bei der besagten Mission ging es um Libaration Altis.
Diese Mission hat wohl eine savegame Option mit eingebaut. Ich konnte über TADST das Serverprofil speichern. Alles abschalten vom Server. Dann den Steam CMD Arma Dedicatet Server updaten und anschließend wieder alles starten und das Profil laden.
Nun war der Server wieder da.
Ich musste lediglich die Parameter neu einstellen bei der Missions Erstellung. Anschließdend waren alle Eingenommenen Punkte wieder da.
Also nix für ungut und viel spass mit dem neuen JET DLC