Bei mir funktioniert es.
Es hat diese beiden Verzeichnisse im A2-Ordner:
[Laufwerk]:\ArmA2\BattlEye
[Laufwerk]:\ArmA2\Expansion\BattlEye
Probiere mal bitte auf der BattlEye-Seite die aktuellen Dateien zu downloaden und manuell zu installieren:
BattlEye - The Anti-Cheat Engine